I jämförelse med andra domkyrkor har Lunds domkyrka en annorlunda organisation. Domkyrkan förvaltas av en stiftelse vars styrelse kallas Domkyrkorådet.

Eftersom Lund var danskt då reformationen skedde i Sverige fick Lunds domkyrka behålla sina jordegendomar medan kyrklig jord i Sverige drogs in till kronan. Detta kapital, som främst består av ett antal fastigheter i centrala Lund och ett antal lantgårdar runt om i Skåne, förvaltas idag av en stiftelse. Avkastningen ska säkerställa vård och omsorg om Domkyrkan.

Ordförande i Domkyrkorådet är biskopen i Lund med domprosten som vice ordförande. Övriga ledamöter utses av domkyrkoförsamlingens kyrkoråd och stiftsfullmäktige i Lunds stift.

Två olika organ med liknande namn
Domkyrkorådet ska inte blandas ihop med Domkyrkoförsamlingens kyrkoråd. Förenklat kan man säga att Domkyrkorådet ansvarar för Domkyrkan, byggnaden och dess inventarier, medan Domkyrkoförsamlingens domprost och kyrkoråd för de gudstjänster och annan verksamhet som sker inne i Domkyrkan.