Svenska kyrkans nationella nivå ansvarar för de frågor som är gemensamma för hela Svenska kyrkan. Dit hör t.ex. kyrkliga utbildningar, ekumeniska relationer, samordning av den internationella verksamheten, informationsarbete och kulturfrågor. Dessutom skall Svenska kyrkans nationella nivå fungera som kyrkans röst i det offentliga samtalet, såväl i Sverige som internationellt.

Den nationella nivåns arbete styrs av Svenska kyrkans högsta beslutande organ, Kyrkomötet och Kyrkostyrelsen, och utförs till största delen i kyrkokansliet i Uppsala. Där finns ca 300 anställda, som leds av Svenska kyrkans generalsekreterare. Utöver dessa finns lika många anställda som arbetar för Svenska kyrkan utomlands. I kyrkokansliet finns också ärkebiskopen och hans närmaste medarbetare. Ärkebiskop Anders Wejryd är Svenska kyrkans främste företrädare. Anders Wejryd har tidigare bland annat varit biskop i Växjö stift och direktor Ersta diakoni. Anders Wejryd blev ärkebiskop i Svenska kyrkan år 2006.